- Per la sua straordinaria posizione geografica è stata testimone di grandi eventi storici e di grandi leggende. Base strategica di incontestato valore per i popoli che si contendevano il predominio del mare. I Fenici si insediarono qui quasi subito nel lato nord-orientale dell'isola (Cala S.Nicola). Del villaggio restano tracce di un cospiquo insediamento con grotte di abitazione, grotte di uso sacro e tombe. Un'altra passeggiata piena di spunti è quella archeologica. Non sarà difficile trovare una guida locale. Nella zona est dell'Isola si insedierano le prime tribù paleolitiche, ne restano tracce nelle grotte vicino la cala S.Nicola che dovette essere per secoli il porto dell'Isola. Nei pressi si scorgono i resti di una specie di piscina di epoca romana, denominata "il bagno delle donne", scavata nella roccia calcarea che riceveva acqua dal mare mediante un condotto sotteraneo. Nel lato ovest dell'Isola, su monte S.Caterina, alle spalle del Faraglione si apre la grotta più interessante e più suggestiva, è quella delle Uccerie o delle Stalattiti. Vi si accede da uno strettissimo cunicolo e si scende in una vasta caverna sotteranea dove milioni anni hanno ricamato un'imponente cattedrale di Stalattiti. Sul versante nord-est della montagna sono di notevole interesse i graffiti di alcune iscrizioni puniche, accopagnate da raffigurazioni di pesci, della grotta del Pozzo e della grotta della Ficarra, le quali succesivamente diventarono luoghi di culto cristiano; ne sono testimonianza i graffiti rappresentanti la croce, rinvenuti in ambedue le grotte.
Per gli amanti di questo tipo di escursione è indispensabile una visita a Levanzo, la più piccola delle Egadi. I collegamento tra le isole egadi sono continui, quindi è possibile in qualunque momento della giornata organizzare la gita. Nella grotta-santuario detta del "Genovese" si potranno ammirare i rari graffiti di epoca paleolitica e neolitica, testimoni di una comunità dedita alla caccia e già allora alla pesca del tonno (vedi Mattanza). Sono raffigurate anche danze tribali simboli di rituali magici. Per gli amanti di questo tipo di escursione è indispensabile una visita a Levanzo, la più piccola delle Egadi. I collegamento tra le isole Egadi sono continui, quindi è possibile in qualunque momento della giornata organizzare la gita.

Nella grotta-santuario detta del "Genovese" si potranno ammirare i rari graffiti di epoca paleolitica e neolitica, testimoni di una comunità dedita alla caccia e già allora alla pesca del tonno. Sono raffigurate anche danze tribali simboli di rituali magici.

- Nel 241 a.C. a largo di Favignana avvenne la battaglia decisiva della prima guerra punica e la leggenda racconta che Cala Rossa prese il nome dal sangue versato dai Cartaginesi sconfitti dai Romani. Nei secoli succesivi Favignana fu presidiata dai Saraceni che vi costruirono numerosi torri di avvistamento come quella sul monte S. Caterina (montagna Grossa) e quella sul porto (oramai distrutta). Nel XI secolo Ruggiero II trasformò le torri saracene in fortilizi e costrui la fortezza di S. Giacomo. Durante il regno di Aragona nel 1341 vennero impiantate a Favignana due tonnare: S.Leonardo nella zona dell'attuale tonnara e S.Nicolò. Nel 1637 la Corona spagnola fu costretta a cedere le isole Egadi ad un nobile genovese come corrispettivo di un notevole prestito alle finanze locali, il marchese Camillo Pallavicini. E proprio dai suoi discendenti che Ignazio Florio acquistò le isole Egadi per farle entrare nella leggenda della florida "Età dei Florio".

Le case romane

- Attorno al I secolo d.C. le piccole comunità delle Egadi godettero di una relativa tranquillità. Mentre la Sicilia si romanizzava, quel poco risalente a quell'epoca che si è rinvenuto nelle isole Egadi fa supporre che ci fossero solo piccoli stanziamenti di presidio. Marettimo in particolare fu sicuramente presidio di Roma. Ancora oggi il pianoro sovrastante il paese si chiama "Case Romane" e conserva i resti di un vasto edificio ad opus reticulatum, dal quale si domina tutto il mare a levante dell'isola fino alla costa sicula; ancora non se ne conoscono l'uso, probabilmente difensivo, né l'epoca esatta, ipotizzata fra il I secolo a.C. e il II d.C. .

- Edificato sulla cima di un suggestivo promontorio all'estrema punta nord-occidentale di Marettimo, il castello sorge sulle fondamenta di una torretta di avvistamento costruita nel IX secolo dai Saraceni. Nel XII secolo Ruggero II, re normanno di Sicilia, fortificò le postazioni difensive delle Egadi, tra le quali la torretta di Punta Troia; ma fu nel 1600 circa che gli Spagnoli edificarono l'attuale castello, dotandolo di una grande cisterna per la raccolta d'acqua e di una chiesetta che fu chiamata "Real Chiesa Parrocchiale" di Marettimo. La cisterna venne successivamente adibita dagli stessi Spagnoli a prigione per i reati più gravi: il primo "ospite" fu un giovanissimo parricida. Dalla fine del '700 fu utilizzata come prigione per i reati politici: nel 1798 vi fu rinchiuso Guglielmo Pepe, il più famoso dei patrioti della Repubblica Partenopea che trovarono orrende sofferenze in questa fossa senza luce né aria. Dalla chiusura del carcere, nel 1844, la fortezza fu utilizzata a scopi militari fino all'ultima guerra mondiale.